我国是印度尼西亚最大的果蔬供应国。2015年，我国向印尼出口蔬菜水果75.35万吨，货值7.63亿美元。同比分别下降9.38%和0.52%，约占印尼果蔬进口总量的六成。
为保护本国果蔬产业发展，印尼从2012年起，相继实施了《农民保护与赋权法案》，加严了对进口水果检疫的审查力度，
中国果蔬出口受到影响。比如：我国对印尼出口柑橘从2012年的19.8万吨，降至2015年的5.94万吨。2016年2月17日印尼正式实施的《关于新鲜植物源性
食品进出口食品安全控制》规定，导致中国出口印尼果蔬全面受阻碍。据统计，中国出口印尼的主要水果蔬菜出口量均大幅下降，其中2016年柑橘出口2.85万吨，货值4960万美元，同比分别下降65.5%和57.6%；梨出口4.51万吨，货值3449万，同比分别下降49.4%和65%；大蒜出口46.8万吨同比下降13.2%，货值5.6亿美元同比上升45.2%，大蒜出口货值上升主要是由于2016年大蒜价格猛涨所致。
印尼新规造成中国果蔬全面下滑主要有两方面的影响。一是检测标准要求更加严苛。新规大幅增加了需检测的植物品，由抽批检验变为批批检验，并必须在获得注册登记的实验室进行全项目检测。监控项目有556项增加到2161项，部分限量要求严于中国标准。比如：对30种新鲜果蔬制定了致病菌限量，而我国没有相关要求；印尼方对柑橘类检测项目达到27个，其中有12项中国未对此类项目设置相应限量要求，其余15项均高于我国目前对柑橘类用药的限量要求；苹果检测项目增加到34项，其中6项严于中国；大蒜检测项目增加到13项，其中1项严于中国。
二是企业出口成品大幅增加。按照该条例的规定，每一批产品必须在出口国获得注册登记的实验室进行所有的检测，检测合格后方允许进入印尼市场。由于检测项目增加，产品检测费用大幅提高。以大蒜为例，单批货物的检测费用由过去的900元增加到了现在的1550元。此外原料产地和企业认证费用也大幅增加，按我国年出口印尼大蒜50万吨计算，仅GMP（良好操作规范）和GAP（良好农业规范）认证费用就将因此增加88万元。此外，印尼还将在港口实施监控，所需的用用也有产品所有人承担。这将进一步增加企业出口成本，延长通过周期，削弱出口企业的竞争优势。
中国对印尼出口果蔬在经历2016年出口严重下滑后，预计2017年会有小幅回暖。主要是因为在2016年年底，印尼农业部对《进口植源性新鲜食品安全法规》进行了修订，修订后的法规对之前的农产品进口门槛进行了放宽，这对中国出口企业是较大利好。其中主要变化包括种类减少和放宽进口农产品的准入条件。在此次修订增加了一个放宽的选项：如果出口国的食品安全体系和实验室都没有得到印尼官方认可，企业也可提供“预先声明”和“出口国官方或认证机构出具的食品安全证书”获得进口许可。该条款意味着企业可以选择的检测机构范围大大增加，认证难度有所下降。以大蒜为例，之前国内只有山东检验检疫局技术中心获得了大蒜检测的印尼注册登记。对于中国大蒜出口印尼的最大省份江苏而言，有74.5%的出口受阻。而根据修改后的规定，江苏的大蒜只要获得当地检验检疫机构的官方证书即可出口，大大降低了出口检查的成本和时间。
